Le docteur Jemma Anne Simmons, Ph.D. est une biochimiste de génie et était l'un des membres les plus jeunes et les plus éminents de la division de recherche du S.H.I.E.L.D.. Avec Leo Fitz, Simmons a été recrutée dans l'équipe de Coulson et a travaillé avec eux sur toutes leurs missions. Alors qu'elle faisait partie de l'équipe, Simmons est devenu amie avec Grant Ward et Skye. Pendant le soulèvement d'HYDRA, Simmons a participé activement à la chasse à John Garrett et au reste du projet Centipede. Elle a été choquée et attristée d'apprendre que Ward avait été membre d'HYDRA. Malgré les événements entourant la bataille de Cybertek et la grave blessure de Fitz, Simmons est restée avec l'équipe pour aider à reconstruire le S.H.I.E.L.D. comme Nick Fury l'a demandé.
Alors que Coulson commençait à reconstruire le S.H.I.E.L.D., elle prit conscience que sa présence entravait la guérison de Fitz et accepta une mission d'infiltration pour infiltrer HYDRA, mais retourna au S.H.I.E.L.D. quand Raina a cassé sa couverture. Elle a aidé l'équipe dans leur recherche de la ville Kree et dans d'autres opérations. Lorsque le Playground a été attaqué par une autre faction du S.H.I.E.L.D. dirigée par Robert Gonzales, elle est restée fidèle à Coulson. Après la guerre contre les Inhumains, Simmons s'est retrouvée téléportée à Maveth après avoir été avalée par le Monolithe.
Au cours des six mois qu'elle a passés là-bas, Simmons a rencontré et est tombée amoureuse de Will Daniels, jusqu'à ce qu'elle soit ramenée sur Terre par Fitz et le S.H.I.E.L.D.. Simmons a ensuite consacré son temps à tenter de rouvrir le portail, déterminée à ramener Daniels, uniquement pour entendre de Fitz qu'il a été tué par Hive qui a réussi à revenir sur Terre. Fitz et Simmons ont essayé de trouver un remède au pouvoir de Hive de contrôler l'esprit des Inhumains avant que le S.H.I.E.L.D. a finalement réussi à tuer Hive.
Jeffrey Mace a été nommé nouveau directeur du S.H.I.E.L.D. après la signature des accords de Sokovie. Bien qu'elle ne lui fasse pas confiance, il a nommé Simmons comme conseillère en science et technologie, ce qui l'a amenée à devenir l'une des supérieures de l'organisation. Simmons a enquêté sur l'existence d'une autre dimension et a aidé le S.H.I.E.L.D. pour vaincre Eli Morrow. Avec la trahison de Holden Radcliffe envers le S.H.I.E.L.D. et son enlèvement de la plupart de ses amis, Simmons et Daisy Johnson sont entrées dans la Charpente afin de les sauver. Elles ont réussi et ils sont tous retournés dans le monde réel mais ont dû faire face à la menace d'Aida maintenant vivante. Le S.H.I.E.L.D. a arrêté l'Inhumain, mais Simmons et d'autres ont été envoyés en 2091 par la suite.
L'équipe s'est retrouvée dans un bunker situé dans les ruines de la Terre appelé le Phare et Simmons a fini par devenir un serviteur de Kasius. Elle a ensuite été libérée par Fitz qui a réussi à venir du passé pour la sauver, elle et les deux fiancés. Finalement, elle et les autres ont réussi à revenir dans le présent, où elle et Fitz seraient bientôt mariés par Coulson. Ils ont travaillé pour empêcher la destruction de la Terre, sont entrés en conflit avec HYDRA dirigé par Hale et plus tard avec la Confédération. Ils ont réussi à tuer Glenn Talbot, sauvant ainsi la Terre ; cependant, Fitz a perdu la vie dans la bataille. Simmons a suivi Alphonso Mackenzie en tant que nouveau directeur du S.H.I.E.L.D., à la recherche du Fitz actuel figé dans l'espace.
La recherche a duré un an sans prévaloir. Cependant, Simmons a forcé la mission à continuer, ce qui les a fait capturer par les Chronicoms et les a réunis avec Fitz. Les Chronicoms les ont utilisés pour les aider à voyager dans le temps, mais ils ont pu s'échapper et ont été recrutés par Izel, qui les a aidés à revenir sur Terre. Cependant, ils ont appris qu'Izel avait l'intention de libérer ses forces sur Terre, et ils ont été secourus par le S.H.I.E.L.D. Ils ont continué à se battre contre Izel, ainsi qu'à s'engager dans une alliance difficile avec Sarge, qui ressemblait exactement à Coulson. Alors que le S.H.I.E.L.D a arrêté Izel et Sarge, Simmons et Fitz ont été pris en embuscade par les Chronicom Hunters et ont été sauvés par Enoch. Les trois se sont échappés et pendant des années, ils ont travaillé sur un moyen de réaliser un voyage dans le temps. Pendant ce temps, Simmons a donné naissance à la fille de Fitz, Alya. Quand ils ont réussi, en plus de créer le LMD avancé Phil Coulson pour les aider à combattre les Hunters, Simmons est revenue en 2019 et avec l'équipe a sauté en 1931.
Afin de garder l'emplacement de Fitz secret des Chronicoms, Simmons avait été implantée avec un dispositif biologique qui supprimait sa mémoire. Avec l'équipe, elle a sauté à travers différents points du passé alternatif pour empêcher les Chronicoms de détruire le S.H.I.E.L.D. et établir leur nouvelle planète natale sur Terre. En raison de la chronologie modifiée, Simmons a été kidnappée par Nathaniel Malick, qui a tenté d'extraire l'emplacement de Fitz de son esprit, mais en vain. Cependant, l'expérience, en plus d'un produit chimique qui lui a été injecté par le chef de Chronicoms Sibyl, a fait perdre la mémoire à Simmons. Lorsqu'elle a retrouvé son équipe, elle a pu construire un appareil qui a ramené Fitz. Il l'a aidée à retrouver sa mémoire et ils ont réussi à revenir à leur chronologie d'origine. Ils ont vaincu les Chronicoms et Simmons et Fitz ont retrouvé leur fille. Après leur victoire, Simmons et Fitz ont pris leur retraite du S.H.I.E.L.D. pour élever Alya ensemble en paix.
